但南京市公积金管理中心坚称，收紧是因为南京市今年公积金的“库存量”明显减少。专家也表示，南京公积金管理中心目前确实是“进的少，出的多”，贷款有些捉襟见肘。

南京住房公积金“入不敷出”的现状，让人不由回想起今年6月份，媒体曾批露，根据广州住房公积金管理中心的统计，今年前5个月该市住房公积金支取量和缴存量出现“倒挂”：1－5月份每月的支出量超过归集量约6亿元，需要调用往年的归集量来满足需求。

为解燃眉之急，有传闻广州正酝酿若干住房公积金新规定，比如公积金可以按月提取，但账户内需保留半年的缴存额；公积金提取全部采取转账支付，不准提现……导致当时广州市民因担心“强行截留”而掀起了一场提取公积金的小高潮。

而在部分专家看来，南京和广州的情景只是冰山一角，很多城市，包括上海，在住房公积金管理和运行上都有同样的流动性危险潜伏。比如上海今年上半年住房公积金归集额157.36亿元，同比增长24.94%，增幅处于近年来高位区间。但同期提取额84.82亿元，个贷发放金额229.39亿元，同比增长111.50%。也就是说，上海住房公积金的资金流入和流出也存在巨额的“倒挂”。即使考虑个贷的回收，仅上半年也至少存在150亿的差额。常州、杭州等城市也多暴露出来住房公积金资金高度紧张的消息，常州住房公积金中心甚至不得不自8月起酝酿停止直接发放个贷，而改为“公转商补息贷款”。

各地2008年末对住房公积金个贷大肆放闸，才过半年多就开始纷纷收紧闸口。专家认为这过山车般的表现，不仅暴露出住房公积金运行管理体制地域分割导致资金规模小、供需区域不均衡、抗系统风险能力差的弊端，也反映出住房公积金管理中心由于缺乏专业金融风险控制能力而对资金供需预测能力不强、个贷政策制定过于随意的问题。由于各地住房公积金中心只是一个事业单位，却要运行数以十亿甚至百亿资金的运作和管理，在资金安全和风险控制方面一直存在先天隐患。此次暴露出来的流动性风险只是其中一方面。