由于试点涉及数千亿元公积金的使用，为保证资金安全和收益，《实施意见》提出了十分严格的要求。《实施意见》指出，试点应严格控制贷款用途，实行专款专用；规范贷款审批程序，贷款资金实行封闭管理；加强风险管理，确保资金安全和保值增值，维护缴存职工合法权益。

在保证资金安全方面，《实施意见》提出了包括设立资金监管专项账户，严格评审贷款项目，加强贷前调查、贷中审查、贷后管理，落实贷款抵押，试点城市政府承担落实偿还贷款的责任等五项措施。

为了避免公积金投资保障房出现“一放就乱”的现象，《实施意见》强调，贷款禁止用于商品住房开发和城市基础设施建设，并严格要求非试点城市不得利用住房公积金发放任何项目贷款。